SNKとCAPCOMのクロスライセンス契約によって実現した両社人気キャラクター共演のカードゲームの「CAPCOMバージョン」です。
オリジナルキャラクターに混じってSNKとCAPCOMのスタッフや声優が対戦相手として数名登場するほか、カードの収集率のデータは「頂上決戦 最強ファイターズ SNK VS. CAPCOM」に送ることができ、特に全300種類をコンプリートしたデータの場合同作の隠しキャラクターを全員強制的に出現させることができました（これは「SNKバージョン」でも可能）。
「SNKサポーターズバージョン」との違いは、主人公キャラクター（「CAPCOMバージョン」主人公はキャップ（男・15歳）とコメット（女・14歳））とスターターパック、ゲームに勝利した際に獲得できるカードの比率など。
2022年1月13日には、「SNKサポーターズバージョン」と「CAPCOMサポーターズバージョン」をセットにしてNintendo Switchで配信されています。
全カード
